Cảng biển đang đem lại nguồn lợi lớn cho kinh tế nước ta. Sự tăng trưởng trên ẩn chứa nguy cơ ô nhiễm môi trường từ các bến cảng. Chính ô nhiễm môi trường đã tác động xấu cản trở sự phát triển kinh tế – xã hội.
Hiện nay hệ thống cảng biển Việt Nam có 91 cảng lớn, nhỏ, tổng chiều dài tuyến mép bến trên 37km, hơn 160 bến phao, 300 cầu cảng. Tốc độ xây dựng bến cảng mỗi năm tăng lên 6%, cả nước tăng thên 2km cầu cảng. Lượng hàng hoá qua bến cảng Việt Năm tăng 15%/ năm. Số tàu thuyền đến cảng và lượng hàng hoá đi qua cảng ngày càng nhiều và nhanh. Nhưng hiện nay hệ thống cảng Việt Nam cũng có những hạn chế như chưa có cảng nước sâu để nhận hàng ở tàu trọng tải lớn, thiết bị chuyên dùng xếp dỡ hàng hoá ít, mạng lưới giao thông chưa đồng bộ, kết cấu hạ tầng chưa đáp ứng tiêu chuẩn cảng Quốc tế, thiếu lực lượng và các phương tiện ứng cứu sự cố tràn dầu tại bến cảng.
Trong thời gian ngắn nước ta đã xây dựng thêm nhiều bến cảng. Nhìn chung không gian phát tiển cảng thường xây dựng ở những nơi có các hệ sinh thái nhạy cảm và có giá trị. Hậu quả là hầu hết các hoạt động của cảng đều tác động tiêu cực đến sinh thái và môi trường tự nhiên như mất các nơi sinh cư, ô nhiễm nước, không khí, và đất xung quanh khu vực cảng. Khi xây dựng cảng Cái Lân ( Quảng Ninh) đã nạo vét luồng cảng chạm qua vịnh Hạ Long, nạo vét đã tác động xấu tới hệ sinh thái đáy biển. Việc mở rộng cảng cùng với các công trình khu vực cảng làm cho 359ha rừng ngập mặn và 47 ha bãi biển, hàng chục ha cỏ biển bị phá huỷ. Khi nạo vét cảng Đà Nẵng đã làm suy thoái nặng rạn san hô ở vùng này. Một trong những tác nhân gây ô nhiễm nguy hại cảng và vùng cảng, lớn nhất là dầu, các phế thải trên tàu và phế liệu xây dựng cảng được tuồn xuống biển, làm ô nhiễm cả không khí, đất và nước.
Tràn dầu ở khu vực cảng là một hiện tượng thường xuyên đe doạ môi trường cảng. Cụ thể như cảng Hải Phòng, từ năm 1994-1996 có tới 22 vụ tràn dầu. Mặt khác lượng dầu cặn từ các tàu sau một hành trình thường có từ 5-10m3, mỗi năm cảng Hải Phòng có tới 1500 lượt tàu cặp bến đã thải xuống biển hàng nghìn m3 dầu cặn. Mỗi khi giao nhận hàng các tàu bốc xếp xong đã thải xuống biển tất cả những tạp chất phế thải của hàng hoá, phế thải sinh hoạt của công nhân, nhân viên, cùng với biết bao dịch vụ khác, ấy là chưa kể hàng trăm tấn thép và nguyên liệu phế thải được nhập từ nước ngoài qua cảng vào nội địa tiếp tay phá hoại môi trường cảng.
Về môi trường nước, các cảng đều phải đối mặt với nước đục do liên quan đến hoạt động của tàu thuyền ra vào cảng,nạo vét luồng lạch, đổ phế thải. Độ đục nước vùng cảng Hải Phòng là 418-424mg/l; cảng Đà Nẵng 33-167mg/l. Nổi cộm nhất là ô nhiễm dầu. Nồng độ dầu ở tất cả các cảng đều vượt mức cho phép 0,3mg/l ( TCVN5943-1995), cảng Hải Phòng 0,42mg/l; cảng Cái Lân 0,6mg/l; cảng Vũng Tàu 0,52mg/l; cảng Việtsô Pêtrô 7,57mg/l . Mặt dầu loang ngăn chặn không khí hoà tan vào nước nên hàm lượng ô xy trong nước thấp, trung bình 3,3-10,9mg/lvào mùa khô và 0,16-6,1mg/l vàomùa lũ, trong khi đó nhu cầu ô xy rất cao, cần tới 13,6-31mg/l. Nước thải sinh hoạt và công nghiệp đổ xuống biển chưa qua xử lý nên chỉ số vi trùng học luôn ở mức cao. Ở một số cảng đáng báo động là hàm lượng thuỷ ngân đã vượt ngưỡng cho phép, cảng Vũng Tàu vượt 3,1lần, cảng Nha Trang vượt 1,1 lần.
Về môi trường trầm tích biển, do nông độ dầu nhiễm trong đất cao,các cảng phía Bắc đạt 0,221-0,223mg/g, các cảng miền Trung ở mức 0,095mg/g. Hàm lượng kim loại nặng như kẽm, cadini, xianua trong đất đang tăng dần lên từng ngày và lan rộng gây ảnh hưởng sinh thái đáy biển.
Về ô nhiễm không khí, do hoạt động bốc xếp hàng hoá, sữa chữa, phá dỡ tàu, xây dựng các công trình và giao thông đã làm các cảng ô nhiễm bụi với hàm lượng rất cao, đều vượt chuẩn cho phép 200mg/m3 ( TCVN 5937-2005). Cảng Hải Phòng 400mg/m3, cảng Đà Nẵng 900-7400mg.m3, cảng Bà Rịa-Vũng Tàu 2000-3000mg/m3.
Từ những phân tích trên cho thấy môi trường khu vực cảng biển Việt Nam đang suy thoái, ô nhiễm bởi bui, tiếng ồn, dầu, chất hữu cơ … kể cả trong nước, không khí, đất. Thực tế đó đang đòi hỏi một quyết sách bảo vệ môi trường từ việc xây dựng và khai thác cảng biển.